3. Phê duyệt phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ chủ yếu 5 năm và kế hoạch khoa học và công nghệ hàng năm, các chương trình nghiên cứu phát triển thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ phù hợp với chiến lược phát triển khoa học và công nghệ và theo phân cấp, ủy quyền của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ.
4. Ban hành thông tư, quyết định, chỉ thị và các văn bản khác thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ; chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện các văn bản quy phạm pháp luật, chiến lược, quy hoạch, kế hoạch thuộc lĩnh vực quản lý của Bộ sau khi được ban hành, phê duyệt; thông tin, tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về khoa học và công nghệ; ban hành tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, quy trình, định mức kinh tế - kỹ thuật theo thẩm quyền trong các ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ.
5. Hướng dẫn, kiểm tra đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện thuộc ngành, lĩnh vực theo danh mục do Chính phủ quy định; quản lý việc cấp, điều chỉnh, thu hồi, gia hạn các loại giấy phép, giấy chứng nhận, giấy đăng ký trong phạm vi quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực của Bộ theo quy định của pháp luật; hướng dẫn nghiệp vụ hoạt động của các cơ quan chuyên môn thuộc lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ.
6. Về hoạt động khoa học và công nghệ:
a) Chỉ đạo thực hiện phương hướng, mục tiêu, nhiệm vụ nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ 5 năm và hàng năm, chuyển giao công nghệ, thúc đẩy việc phát triển các ngành, lĩnh vực kinh tế-kỹ thuật trọng điểm trên cơ sở đổi mới, làm chủ công nghệ, tập trung phát triển công nghệ mới, công nghệ cao;
b) Chủ trì hướng dẫn các Bộ, ngành, địa phương thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm của các tổ chức khoa học và công nghệ công lập; hướng dẫn, hỗ trợ việc thành lập, phát triển doanh nghiệp khoa học và công nghệ; hỗ trợ các tổ chức, cá nhân phát huy sáng kiến, cải tiến kỹ thuật áp dụng vào sản xuất, các doanh nghiệp đổi mới công nghệ; quy định, hướng dẫn các tổ chức, cá nhân thực hiện hoạt động ươm tạo công nghệ, ươm tạo doanh nghiệp khoa học và công nghệ;
c) Hướng dẫn, tổ chức thực hiện việc chứng nhận hoạt động ứng dụng, nghiên cứu, phát triển công nghệ cao và công nhận doanh nghiệp công nghệ cao; quy định điều kiện đối với cơ sở ươm tạo công nghệ cao, ươm tạo doanh nghiệp công nghệ cao; quy định thẩm quyền, điều kiện, thủ tục xác nhận cơ sở đào tạo nhân lực công nghệ cao; xây dựng cơ sở dữ liệu, hạ tầng thông tin về công nghệ cao thuộc phạm vi thẩm quyền của Bộ; xây dựng trình Chính phủ ban hành tiêu chí, điều kiện thành lập khu công nghệ cao và xây dựng cơ chế, chính sách phát triển công nghệ cao; trực tiếp quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc;
d) Hướng dẫn việc xác định, đặt hàng, tuyển chọn, giao trực tiếp, đánh giá, nghiệm thu, nhiệm vụ khoa học và công nghệ; việc giao quyền sở hữu và quyền sử dụng kết quả nhiệm vụ khoa học và công nghệ có nguồn gốc từ ngân sách nhà nước. Giao quyền sở hữu và quyền sử dụng kết quả nhiệm vụ khoa học và công nghệ cấp nhà nước cho các tổ chức, cá nhân. Khai thác, ứng dụng, công bố, tuyên truyền kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ;